Les extractions d’ADN environnemental (ADNe) des échantillons du site Thau du projet ROME sont dorénavant réalisées à MARBEC!

Depuis septembre 2020, le laboratoire LER-LR, et plus largement les équipes de l’UMR MARBEC, sont impliqués dans le pilotage, les échantillonnages et les filtrations des suivis effectués sur le site Thau au droit de l’exutoire du cours d’eau La Vène et à l’angle sud-est du secteur conchylicole de Bouzigues. Les analyses moléculaires, en préparation du séquençage, étaient réalisées jusqu’alors par le Laboratoire Ifremer-DYNECO-PELAGOS à Brest.

Une nouvelle étape est franchie depuis mai 2024 : les extractions d’ADN des échantillons du site Thau, puis les amplifications par PCR des régions ciblées de l’ADNr 16S et 18S, sont dorénavant réalisées au sein du plateau technique de Biologie Moléculaire de MARBEC à Sète. Les amplicons seront toujours séquencés via une plateforme externe. Pour préparer cette transition, Anaïs CROTTIER (Ifremer, LER-LR UMR MARBEC) et Christine FELIX (Université de Montpellier - UMR MARBEC) ont été formées par l’équipe technique de DYNECO-PELAGOS à Brest (Julien Quere) en mars à la réalisation de ces analyses. Elles ont dorénavant en charge l’organisation et la réalisation de ces analyses.

Le Réseau d’Observatoires de Microbiologie Environnementale intégrée (ROME) de l'Ifremer vise à mieux étudier les dynamiques spatio-temporelles des communautés de virus, bactéries et micro-algues et les espèces toxiques et pathogènes potentiellement émergentes de l’écosystème marin côtier français.