ASIM au sein de ROME, Cyrielle Lecadet, Maude Jacquot, Germain Chevignon, Benjamin Morga et Isabelle Arzul.
ASIM au sein de ROME, interview de Cyrielle Lecadet, Maude Jacquot, Germain Chevignon, Benjamin Morga et Isabelle Arzul.
Q : Quel est le rôle de l'Unité ASIM dans la mise en place du projet ROME?
L’unité ASIM a contribué à définir la stratégie d’échantillonnage utilisée dans ROME, en particulier pour les huîtres. L’unité a aussi partagé son expérience pour la mise en place de certains protocoles comme l’extraction d’ADN/ARN et l’amplification du 18s rDNA pour l’analyse des protistes à partir des échantillons d’huîtres.
Impliquée dans le comité scientifique du projet ROME, l’unité apporte son expertise sur les organismes pathogènes des invertébrés marins. L’unité ASIM s’intéresse en particulier aux données de séquence des parasites des bivalves afin de mieux comprendre leur dispersion et contribue à la validation des approches déployées dans le projet en réalisant des analyses en PCR en temps réel ciblant certains organismes pathogènes.
L’unité ASIM participe à la valorisation des données de séquençage de virus générées dans ROME par des approches d'épidémiologies moléculaires et statistiques. De plus, ayant récemment développer la technologie Oxford Nanopore pour le séquençage des organismes pathogènes, l’unité teste cette méthode dans le cadre de l’action ROME colors .
Q : et en pratique, comment cela se passe au laboratoire?
L’unité s’intéresse en particulier à la présence d’organismes pathogènes de bivalves marins dans les échantillons d’eau et d’huîtres collectés dans le cadre de ROME. En lien avec SeBImer, les données de séquence obtenues dans le projet sont analysées afin de vérifier la détection éventuelle d’ADN de certaines espèces de protistes connus pour infecter les bivalves marins. Lorsque les résultats suggèrent la présence de ces espèces, l’unité ASIM réalise des analyses complémentaires en PCR en temps réel afin de confirmer leur présence voire les quantifier. A ce jour, les analyses réalisées dans ROME ne permettent pas de tester la présence de virus à ADN dans les échantillons. C’est pourquoi, des analyses en PCR en temps réel ciblant le virus OsHV-1 sont réalisées à partir des échantillons d’huîtres afin de tester sa présence.
Les perspectives de valorisation des données de séquençage de virus et le déploiement de la technologie Oxford Nanopore dans ROME contribuent à renforcer les collaborations entre ASIM et les autres unités impliquées.
Q : qu’espérez-vous découvrir grâce à ce réseau ROME?
L’unité ASIM a notamment pour objectif de détecter et comprendre l’émergence d’organismes pathogènes d’invertébrés marins. Le projet ROME nous offre la possibilité de tester les approches eDNA pour détecter ces espèces. L’analyse des données obtenues nous permettra de mieux comprendre leur dispersion, d’étudier leurs dynamiques spatio-temporelles et leurs interactions avec d’autres microorganismes.