Le LER/PC au sein de ROME, Jean-François Pépin et Jean-Luc Seugnet.

Le LER/PC au sein de Rome, Interview de Jean-François Pépin et Jean-Luc Seugnet.

Q : Quel est le rôle du LER/PC dans la mise en place du projet ROME ?

Le LER/PC participe comme 3 autres LER, à la capacité pour le projet ROME de déployer ses protocoles dans un site unique, celui des Pertuis Charentais, site majeur de l'ostréiculture française, avec initiée dès 1650 la conversion de marais salants en claires mais aussi de la mytiliculture (bouchots et filières, AOP Charron). Le LER/PC situé à la Tremblade a un rôle de conseil car il a une expertise multidécennale dans la région tant pour les aspects des pratiques conchylicoles que pour les aspects sanitaires et hydrodynamiques propres aux Pertuis. De plus, le LER/PC a également une bonne pratique des techniques de filtration de l'eau pour l'approche ADN environnemental ce qui lui permet de proposer et de valider, en concertation, des évolutions des protocoles partagés par tous.

Q : et en pratique, comment cela se passe au laboratoire ?

Nous réalisons des suivis réguliers in situ, pour analyser les communautés microbiennes présentes dans l'eau et les coquillages. Nous avons deux sites contrastés à échantillonner tous les 15 jours, EL et EAA. Actuellement, ces sorties se font à partir d'une embarcation de l'Ifremer, en se calant sur le calendrier des sorties REPHY-Obs (DCE). Les eaux échantillonnées sont rapportées rapidement au laboratoire où dans une pièce dédiée Jean-Luc réalise les filtrations séquentielles afin de collecter sur des filtres les particules organiques et l'ADN environnemental présents dans l'échantillon. Les précieux filtres sont stockés à -80°C pour des analyses ultérieures (Brest). A ces échantillons s'ajoutent aussi, un prélèvement d'eau pour la recherche des virus entériques et une fois par mois, la collecte d'huîtres sentinelles sur l'estran.

Q : qu’espérez-vous découvrir grâce à ce réseau ROME ?

Les données de ce réseau devraient permettre d'apporter par la voie innovante de la "génétique & ADNe" des connaissances nouvelles (et complémentaires de celles du REPHY) sur la dynamique des communautés microbiennes procaryotes et eucaryotes (interactions, écologie fonctionnelle) sur des sites contrastés selon un gradient anthropique terre-mer tout au long de l'année. Ces données pourront constituer une nouvelle série temporelle unique, spécifique des Pertuis, qui permettra à terme de mieux comprendre le fonctionnement de cet écosystème bien particulier des Pertuis Charentais et du panache de la Gironde.