DYNECO/PELAGOS au sein de ROME, Michèle Gourmelon et Joëlle Serghine.

DYNECO/PELAGOS au sein de ROME, Interview de Michèle Gourmelon et Joëlle Serghine.

 

Q : Quel est le rôle du laboratoire PELAGOS dans la mise en place du projet ROME?

Le laboratoire Pelagos a été moteur dans la mise en place du réseau ROME en assurant la coordination de ce réseau. Le laboratoire a apporté ses compétences dans les domaines des protistes et des bactéries présentes en zone côtière, dans les choix des sites sur les différentes façades maritimes et des différents types de prélèvements : eaux du large, eaux sous influence anthropique et huîtres, et aussi dans la connaissance des communautés microbiennes en zone côtière.

Des collaborations avec les chercheurs de TARA Océan, la station biologique de Roscoff … ont permis de sélectionner les protocoles de prélèvements et d’analyses de ROME qui permettront de comparer les données acquises par ce réseau à des données internationales.

Le laboratoire a optimisé et transféré le protocole de filtration des eaux pour une application sur les différents sites d’études. En collaboration avec les autres partenaires, il a défini le calendrier d’échantillonnage et a programmé des points d’avancement et d’optimisation des protocoles.

Le laboratoire a aussi en charge la bancarisation des échantillons dans une base de données LabCollector (nomenclature des échantillons, préparation de l’étiquetage, conservation des échantillons, mise à jour du fichier de saisie des échantillons).

Q : et en pratique, comment cela se passe au laboratoire?

Le laboratoire Pelagos réceptionne les membranes, sur lesquelles ont été filtrées les eaux du large et les eaux impactées par les apports anthropiques des 4 sites, ainsi que les acides nucléiques des lots d’huitres creuses extraits au LSEM. Il réalise l’extraction des ADN à partir de demi-filtres et le dosage des acides nucléiques.  Des amplifications des régions ciblées de l’ADNr16S et 18S sont ensuite réalisées par PCR et les amplicons sont séquencés via une plateforme externe. Les données de metabarcoding sont analysées en collaboration avec le Sebimer.

Chaque demi-filtre d’eau non utilisé ainsi que les  ADN et ARN restants sont étiquetés, conservés dans un surgélateur et bancarisés au sein de la base de données LabCollector pour des analyses futures.

Q : qu’espérez-vous découvrir grâce à ce réseau ROME?

Avec ce réseau, on aimerait avoir une vision globale des communautés microbiennes (virus, bactéries et protistes) sur différents sites français, mettre en évidence les interactions entre ces différents micro-organismes et évaluer les variations spatio-temporelles de ces communautés. Ce réseau devrait aussi permettre de mettre en évidence des espèces émergentes. Enfin, la comparaison des données acquises dans le réseau ROME à des données internationales sera très enrichissante.