Le LER/LR et le L3AS au sein de ROME, Ophélie Serais, Christine Félix, Camille Gianaroli et Angélique Gobet.
Le LER/LR et le L3AS au sein de Rome, Interview d’Ophélie Serais, Christine Félix, Camille Gianaroli et Angélique Gobet.
Q : Quel est le rôle du LER /LR et du L3AS dans la mise en place du projet ROME ?
Pour le site de la lagune de Thau, le LER/LR et le L3AS travaillent conjointement au sein de l’UMR MARBEC. Dans le projet ROME, le LERLR et le L3AS sont impliqués dans la réflexion autour du choix des sites de prélèvement, la planification, la logistique et la stratégie d’échantillonnage ainsi que dans les méthodes d’analyse moléculaire et bioinformatique dans le projet ROME. Ce sont Ophélie Serais, référente technique pour la lagune de Thau, et Camille Gianaroli du LER/LR, ainsi que Christine Félix de l’Université de Montpellier qui s’occupent des sorties terrain et des filtrations. Ophélie Serais est également référente du protocole d’échantillonnage, commun à tous les sites ROME, avec Jean-François Pépin du LER/PC. Angélique Gobet du L3AS, référente scientifique pour la lagune de Thau, est impliquée dans la réflexion autour des approches moléculaires pour cibler les procaryotes dans ROME ainsi que les analyses bioinformatiques associées sous SAMBA, en collaboration avec Michèle Gourmelon et Joelle Serghine du laboratoire PELAGOS et Cyril Noël du SeBiMER.
Q : et en pratique, comment cela se passe au laboratoire ?
Les campagnes de terrain sont organisées lors de réunions de planification du LER/LR en présence de l’ensemble de l’équipe. Les prélèvements ROME sont planifiés tous les lundis des semaines paires lors d’une campagne de terrain mutualisée avec les projets REPHY, EMERGTOX et COCORICCO 2. L’équipe composée d’un.e pilote et de 2 équipier.e.s du LER/LR quitte le ponton de la station Ifremer Sète vers 8h30 à bord de l’embarcation légère « Le Gryphéa », et se rend sur les différents sites de prélèvements de la tournée localisés en mer et dans la lagune de Thau. Les échantillons d’eau et de coquillages ROME sont réceptionnés au Laboratoire autour de 12h30 par l’équipe de filtration composée de 2 personnes parmi les 3 formées (Camille Gianaroli, Ophélie Serais et Christine Félix). Les échantillons d’eau sont donc filtrés en binôme dans le Laboratoire Central le lundi après-midi. La matinée du mardi matin est dédiée aux stérilisations, envois d’échantillons et préparations de la session suivante. Les commandes et suivis des envois d’échantillons sont assurées par Camille Gianaroli.
Q : qu’espérez-vous découvrir grâce à ce réseau ROME ?
La lagune de Thau est fortement affectée par les changements climatiques (e.g. les épisodes de malaïgue, dus à une absence de vent et une chaleur caniculaire conjointes, qui causent des phénomènes d’anoxie), le bassin versant et la conchyliculture (e.g. projets OVERTE, PICOTHAU, ANOXIMO). Grâce au réseau ROME, le suivi des communautés microbiennes procaryotes et eucaryotes et de virus au cours du temps ainsi que les mesures de paramètres contextuels (e.g. température, salinité) vont nous permettre de mieux comprendre la dynamique et l’écologie de ces communautés en fonction des variations environnementales.
Les données générées dans ROME serviront de socle pour le développement d’autres projets de recherche connexes (e.g. projets en lien avec les activités conchylicoles, avec les problèmes de contamination microbiologique, les efflorescences de phytoplancton toxique, et le développement d’outils de diagnostic) et leur interprétation permettra de mieux comprendre l’écologie de la lagune de Thau à des fins de recherche et d’interactions avec les politiques publiques et les professionnels de la conchyliculture.